Každý  virus potřebuje enzym zvaný helikáza, aby se mohl úspěšně replikovat v buňce. Helikáza viru Zika je obrazně řečeno motor, který převádí energii nukleotidu trifosfátu k rozmotání dvoušroubovice nukleových kyselin RNA na dvě samostatné šroubovice genetického materiálu, který se dá kopírovat. Tento proces je z pohledu viru nejdůležitější.
 Za použití rentgenové krystalografie, metody, která vytváří 3D obraz proteinů na atomární úrovni mohli vědci pozorovat, co se stane, když se helikáza viru Zika potká s ostatními látkami v napadené buňce. Podařilo se jim zachytit přechodný stav, kdy se virová helikáza váže na nukleotid ATP a kovový iont, dvě součástky, bez kterých by nedokončila svůj úkol. Tato struktura je podobná všem virům z rodiny flavivirů, kam patří notoricky známé patogeny, jako jsou například virus horečky dengue, žluté zimnice nebo západonilské hořečky.
 
V čem se liší Zika?
Nicméně vědci se  pokoušeli zjistit, co dělá virus Zika odlišného od ostatních, a tak se  rozhodli rozluštit princip, jak se helikáza navazuje na RNA. Při tomto procesu vzniká tunel skrze celý enzym, ve kterém je později uložena RNA. To, co odlišuje Ziku od například od viru horečky dengue, je změna ve stavbě molekul, kterou helikáza Ziky prochází, když se poprvé setká s RNA. Ostatní flaviviry se navazují odlišně. Všechny flaviviry, včetně viru Ziky, mají helikázu, která dokáže převádět chemickou energii nukleotidů na mechanickou sílu, která rozmotává RNA. Virus Zika tento postup kopíruje, nicméně jeho helikáza rozmotává RNA viru za pomoci změny ve stavbě molekul.