Zmíněné protikladné jevy, zejména sociálně-ekonomické, ideologické a mocenské, vyústily v řadu krizí, jejichž výsledkem byl i dosud největší evropský vojenský konflikt, třicetiletá válka (1618-1648), ale též buržoazní revoluce nizozemská (1566-1609) a anglická (1640-1660). Tyto protiklady a rozpory ovlivnily zásadně vývoj v českých a evropských zemích a zasáhly hluboce i do Komenského osudu.

J. A. Komenský patří k nejvýznamnějším představitelům české vzdělanosti; je průsečíkem různých tendencí kultury
17. století, symbolizuje úsilí tohoto století o pan-vědění, ale i dobové meze této snahy, a zejména pak snahu o dosažení harmonie, jež by překonala chaotický labyrint, do kterého svět krizí a válek upadal. Komenský usiloval o sjednocení veškerého lidského vědění na jediném základě (všemoudrost - pansofie). Napsal na 250 děl většího i menšího rozsahu. Jeho nejdůležitější filozofické dílo je Obecná porada o nápravě věcí lidských, které vznikalo kolem poloviny 17. století a jež bylo nalezeno až v r. 1935 v Halle ve formě fragmentárních tisků a rukopisů. Pojednává o „lidských věcech“, o jejich narušení a o možnosti všeobecného osvícení skrze výchovu, vědění a víru. V jeho dílech, částečně ještě dodnes nezveřejněných, se najde mnohé, co odůvodňuje názor, že Komenský byl snad největším českým myslitelem i v otázkách státu a práva
v 16. a 17. století. Svým dílem, svou činností a působením významně ovlivnil osudy světa, v němž žil. Mezi jiným byl i autorem pozoruhodného projektu všeobecné organizace států, jež by zajišťovala trvalý mír v celém světě. Soubor Komenského myšlenek spadajících do této problematiky je obsažen v knize Panorthosia čili Všenáprava, která tvoří 6. díl jeho již zmíněného latinského spisu Obecná porada o nápravě věcí lidských.
Komenského dílo upadlo v zapomnění již v 70. letech 17. století. Komenský, univerzální myslitel, filozof a vědec, přestal být přitažlivý. I některé náměty na celkovou reformu školství zůstávaly za jeho života nepovšimnuty, a tím výrazněji se projevil odpor či nezájem u návrhu na obecnou nápravu společnosti, ostatně dlouho známého jen ve zkreslené podobě. Nastupující věk osvícenců kladl důraz na analyticko-kritický přístup k realitě a neměl mnoho porozumění pro pokusy o všezahrnující syntézu. Osvícenci byli ochotni ocenit Komenského jako autora vynikajících jazykových učebnic, ale jeho širší pedagogické a filozofické názory odmítali. K nepočetným výjimkám patřil Johann Gottfried von Herder (1744-1803). I v Komenského vlasti dlouho nemohla být vydávána jeho díla ani připomínáno jeho jméno. Evropské kultuře vrací Komenského teprve moderní kulturní historie. Má pochopitelně neotřesitelné postavení zakladatelské osobnosti ve vývoji moderní pedagogiky. Například jeho veledílo Labyrint světa a ráj srdce (1623) se svou významností srovnává např. s Danteho Božskou komedií.
Je dnes skutečností, že mnoho myšlenek, které formuloval v 17. století Komenský, k nám přímo promlouvá dodnes a kulturní historie zařadila Komenského v dějinách evropského myšlení po bok jeho velkých současníků, jako byli Descartes, Pascal nebo Gracián, i když každý z nich postupoval k poznání pravdy svým vlastním způsobem.
Jan Amos Komenský se poznal s řadou významných osobností, např. s francouzským filozofem a matematikem René Descartesem, s jehož dílem se myslitelsky vyrovnával, dále se švédskou královnou Kristinou, která se učila latinsky podle jeho proslulé učebnice Dveře jazyků otevřené. Za svého pobytu v Amsterodamu se s velkou pravděpodobností setkal i s Rembrandtem van Rijn, autorem portrétu Komenského, který lze zhlédnout ve florentské galerii Uffizi a připomenout si tak jednu z největších osobností české, ale také evropské kultury.

Konkretizované návrhy Jana Amose na uspořádání mezilidských a mezinárodních vztahů nelze chápat jako prosté řešení novodobých problémů. Zato však je možno k celému Komenského projektu přistupovat jako k výzvě, abychom pozorně zvažovali, jaké cesty vedly k našim současným problémům a jaké se již před staletími otevíraly možnosti jejich řešení.
Vždyť s Komenským nás nespojuje pouze touha po nápravě věcí lidských, ale i přesvědčení o příštím tvůrci těchto proměn - o člověku harmonickém, svobodném a společensky odpovědném. Hluboké rozpory ve vývoji moderní civilizace se vyhrotily do nebezpečné podoby. Hledat jejich globální řešení bude úkolem nové generace, která nastupuje spolu s 21. stoletím. Jí nabízí Komenský přes hranice věků vzácný dar - zdůvodněné vědomí svobody člověka a jeho odpovědnosti za harmonický rozvoj lidstva - a svým příkladem podněcuje k tvůrčímu činu.

Pedagogické muzeum J. A. Komenského, Praha

Stručný chronologický přehled nejdůležitějších životopisných dat
J. A. Komenského

28. 3. 1592 - narozen, není jednoznačně vyřešeno kde (Uherský Brod nebo Nivnice na Moravě)
1604 - osiřel
1592-1608 - žil na Moravě (Uherský Brod, Strážnice, Nivnice)
1608-1611 - studium na bratrském gymnáziu v Přerově na Moravě
1611-1614 - zahraniční studia v Herbornu a Heidelbergu v Německu
1614-1617 - učitelem na latinské škole v Přerově, napsal historické práce pro Žerotíny (dnes ztracené)
1616 - v Praze vytištěna jeho mluvnická příručka Grammaticae facilioris praecepta (dnes ztracená)
1618-1623 - žije ve Fulneku na Moravě, kde byl správcem bratrského sboru a školy; oženil se s Magdalenou Vizovskou; narodili se mu 2 synové, kteří však za okupace ve Fulneku (španělskými i italskými vojáky) zemřeli; zemřela i manželka; v r. 1623 se veřejně pálí Komenského knihy a spisy
1619 - v Olomouci vydán spis Listové do nebe (Komenského první dochovaná tištěna kniha), kritika sociální nespravedlnosti
1622-1628 - pobyt v Brandýse nad Orlicí ve východních Čechách, na panství jeho ochránce Karla st. ze Žerotína; v r. 1624 se oženil podruhé, a to s Dorotou Cyrillovou, dcerou seniora jednoty bratrské
1622-1624 - vznikají tzv. útěšné spisy, např. Truchlivý (reakce na porážku stavovského povstání), Labyrint světa a ráj srdce (sociálně alegorické a kritické dílo), O sirobě, Přes boží, Centrum securitatis čili Hlubina bezpečnosti
1627 - vydání Komenského mapy Moravy v Amsterodamu; narození dcery Doroty Kristiny v Bílé Třemešné
1628 - po vydání nové ústavy pro Čechy, Obnoveného zřízení zemského, došlo k prosazení císařské moci a habsburské dědičnosti, katolictví bylo v českých zemích jediným dovoleným náboženstvím - proto Komenský a mnoho jiných lidí nekatolického vyznání muselo navždy opustit vlast
1628-1641 - první pobyt Komenského v Lešně, kde bylo polské středisko jednoty bratrské; narození druhé dcery Alžběty
1630 - napsal Informatorium školy mateřské - návod k výchově dětí předškolního věku
1631 - vyšel spis Janua linguarum reserata (Dveře jazyků otevřené) - proslulá a později mnohokrát vydaná učebnice latiny, vytištěná v Lešně
1632 - konal se sněm bratrské synody Lešně; Komenský ustaven seniorem jednoty bratrské (biskupem)
1637-1639 - v Oxfordu vydány přičiněním Samuela Hartliba (asi 1600-1662) první Komenského pansofické (vševědné) práce; došlo i k navázání kontaktů s anglickým prostředím (John Dury a Samuel Hartlib)
1641-1642 - Komenského pobyt v Anglii na pozvání představitelů anglického politického a kulturního života; setkává se i s Václavem Hollarem (1607-1677), známým českým rytcem a kreslířem (působil také v Londýně a v Nizozemí)
1641 - napsal spis Via lucis (Cesta světla), významné dílo, kde vyjádřil názor o možnosti společenské změny pomocí vzdělávání, předložil návrh reforem vědy a školství i zřízení celosvětové akademie učenců (collegium lucis - společenství světla); revoluce a občanská válka znemožnily další Komenského práci v Anglii
1642 - odmítl pozvání do Francie (od kardinála Richelieua)
4/1642 - přijal pozvání nizozemsko-švédského obchodníka Ludvíka de Geera do Švédska
1642-1648 - působení Komenského a jeho rodiny v pobaltském Elbinku v Polsku (pod kontrolou Švédů); jednání se státním kancléřem Axelem Oxenstjernou (1583-1654) a obchodníkem a mecenášem Ludvíkem de Geerem (1587-1652)
1642 - setkání s francouzským filozofem René Descartesem (1596-1650) na jeho nizozemském zámečku Endegeest
1643 - narození třetí dcery Zuzany
1644 - profesorem na elbinském gymnáziu
1646 - narození syna Daniela; Komenský dokončil významný jazykovědný a didaktický spis Methodus linguarum novissima (Nejnovější metoda jazyků)
1646 - setkání se švédskou královnou Kristinou (1626-1689)
1648-1650 - druhý pobyt v Lešně
1648 - uzavření vestfálského míru - ukončení třicetileté války (1618-48), Komenský se snaží vyjednávat se zahraničními partnery o „české věci“
1648 - smrt druhé manželky Doroty
1648 - Kšaft umírající matky jednoty bratrské, vydaný v Lešně, je odrazem zklamání z vestfálského míru, který ukončil Komenského naděje na návrat do vlasti
1650-1654 - pobyt v Sárospataku (Blatném Potoku) v Uhrách, tehdy pod správou sedmihradských knížat Rákócziů; zde vydán mimo jiné náčrt vševědné školy Schola pansophica, napsána i další mimořádná díla, Gentis felicitas - výzva k reformám i k boji proti Habsburkům (vydáno 1659); Schola ludus (Škola hrou) - dramatizace Januy (vytištěno v Sárospataku 1656) aj.
1654-1656 - třetí pobyt v Lešně; obnovení styků s Anglií (S. Hartlib), za účasti Komenského podniknut neúspěšný pokus o získání podpory Olivera Cromwella pro chystané tažení exulantského vojska do Čech; vytištěn oslavný spis Panegyricus Carolo Gustavo (Chvalořeč na Karla Gustava), vyzývající švédského krále k prosazení reforem a náboženské svobody v Polsku
1656 - obsazení a vypálení Lešna polskými sbory, byly spáleny knihy a rukopisy z Komenského knihovny
1656-1670 - pobyt v Nizozemí
1657-1558 - velká vydavatelská aktivita Komenského v Amsterodamu, zejména vychází čtyřdílný souhrn pedagogických spisů Opera didactica omnia, v jeho rámci i 1. vydání nejvýznamnějšího didaktického spisu Didactica magna (Velká didaktika)
1658 - v Norimberku vydána slavná jazyková obrázková učebnice Orbis sensualium pictus
1659 - vydán Kancionál - Komenského sborník českých bratrských písní
1662 - v Amsterodamu vydány první dva díly největšího Komenského díla De rerum humanarum emendatione consultatio catholica (Obecná porada o nápravě věcí lidských)
1667 - v Amsterodamu vydán Angelus pacis (Anděl míru), spis určený anglicko-
-nizozemskému mírovému jednání v Bredě, kterého se Komenský osobně zúčastnil, požadující zároveň odstranění všech válek
15. 11. 1670 - Komenský zemřel v Amsterodamu
22. 11. 1670 - Komenský pohřben v kostele valonské reformované církve v Naardenu, jihovýchodně od Amsterodamu
Na počest Komenského bylo v Naardenu zřízeno muzeum. V České republice lze nalézt informace o životě, díle a odkazu J. A. Komenského v Pedagogickém muzeu J. A. Komenského v Praze, Muzeu J. A. Komenského v Uherském Brodě a v Muzeu Komenského v Přerově.